Putovanje zrakoplovom jamči najbrži put od Siem Reap Mekong Express, do Phnom Penh Mekong Express, . Procijenjeno vrijeme putovanja od Siem Reap Mekong Express, do Phnom Penh Mekong Express, je 55m. Međutim, imajte na umu da će dolazak do zračne luke, prijava i prolazak sigurnosnih provjera potrajati – bolje je doći u zračnu luku barem sat vremena unaprijed ako letite u zemlji i dva sata unaprijed ako to je međunarodni let.
Trajanje putovanja od Siem Reap Mekong Express, i Phnom Penh Mekong Express, je manje-više isto koju god zrakoplovnu tvrtku odabrali za let.